生態システム生命科学専攻 : 進化生態科学講座

生物多様性進化 分野

3-18makino
牧野 能士
キャンパス 青葉山 キャンパス
専攻分野 分子進化学、比較ゲノム学
連絡先 022-795-6689
E-mail tamakinoatm.tohoku.ac.jp

ゲノム上で重複した遺伝子に着目して進化学的・生態学的な研究を行っています。

経歴
1993.4 - 1997.3 三重大学生物資源学部生物資源学科
1997.4 - 1999.3 名古屋大学大学院生命農学研究科修士課程 (修士取得)
1999.4 - 2001.12 キッコーマン株式会社
2002.1 - 2002.3 産業技術総合研究所生命情報科学センター 研究員
2002.4 - 2005.3 総合研究大学院大学生命科学研究科博士課程 (博士取得)
2005.4 - 2005.6 国立遺伝学研究所 研究員
2005.7 - 2006.3 株式会社国際バイオインフォマティクス研究所
    同 国立遺伝学研究所 受託研究員
2006.4 - 2006.9 静岡がんセンター研究所免疫治療研究部 研究員
2006.10 - 2009.7 Smurfit Institute of Genetics, Trinity college, Ireland 研究員
2009.8 - 2011.1 東北大学大学院生命科学研究科 生態適応GCOE 助教
2011.2 - 現在 東北大学大学院生命科学研究科 助教
著書・論文
  1. Yoshida K, Makino T, et al. Sex chromosome turnover contributes to genomic  divergence between incipient stickleback species. PLOS Genetics. 2014, in press
  2. McLysaght A, Makino T, Grayton H, Tropeano M, Mitchell K, Vassos E, Collier DA. Ohnologs are overrepresented in pathogenic copy number mutations. PNAS. 7;111(1):361-366, 2014
  3. Makino T, McLysaght A and Kawata M. Genome-wide deserts for copy number variation in vertebrates. Nature Communications. 4:2283, 2013
  4. Cádiz, A, Nagata N, Katabuchi M, Díaz LM, LEchenique-Díaz LM, Akashi HD, Makino T and Kawata M. Relative importance of habitat use, range expansion, and speciation in local species diversity of Anolis lizards in Cuba. Ecosphere. 4:art78, 2013
  5. Makanae K, Kintaka R, Makino T, Kitano H and Moriya H. Identification of dosage-sensitive genes in Saccharomyces cerevisiae using the genetic tug-of-war method. Genome Research. 23(2):300-311, 2013
  6. Makino T and McLysaght A. Positionally-biased gene loss after whole genome duplication: evidence from human, yeast and plant. Genome Research. 22(12):2427-2435, 2012
  7. Makino T and Kawata M. Habitat variability correlates with duplicate content of Drosophila genomes, Molecular Biology and Evolution. 29(10):3169-3179, 2012
  8. Satake M, Kawata M, McLysaght A and Makino T*. Evolution of vertebrate tissues driven by differential modes of gene duplication. DNA Research. 19(4):305-316, 2012
  9. Pessia E, Makino T, Bailly-Bechet M, McLysaght A and Marais GAB. Mammalian X Chromosome Inactivation evolved as a dosage compensation mechanism for dosage-sensitive genes on the X chromosome. PNAS. 109(14), 5144-5145, 2012
  10. Tezuka A, Matsushima N, Nemoto Y, Akashi HD, Kawata M and Makino T. Comprehensive Primer Design for Analysis of Population Genetics in Non-Sequenced Organisms. PLoS ONE. 7(2): e32314, 2012
  11. Kitano J, Kawagishi Y, Mori S, Peichel CL, Makino T, Kawata M and Kusakabe M. Divergence in Sex Steroid Hormone Signaling between Sympatric Species of Japanese Threespine Stickleback. PLoS ONE. 6(12): e29253, 2011
  12. Makino T and McLysaght A. Ohnologs in the human genome are dosage balanced and frequently associated with disease. Proceedings of The National Academy of Sciences. 107(20), 9270-9274, 2010
  13. Perez-Bercoff A, Makino T and McLysaght A. Duplicability of self-interacting human genes. BMC Evolutionary Biology. 10:160, 2010
  14. Makino T, Knowles DG and McLysaght A. Functional divergence of duplicated genes, In Evolution After Gene Duplication (Katharina Dittmar and David Liberles eds.), 23-30, John Wiley & Sons. 2010
  15. Makino T and McLysaght A. The evolution of functional gene clusters in eukaryote genomes. In Evolutionary Biology from Concept to Application II (Pierre Pontarotti eds., Springer), 185-194, 2009
  16. Makino T, Hokamp K and McLysaght A. Complex relationship of gene duplication and essentiality. Trends in Genetics. 25(4), 152-155, 2009
  17. Makino T and McLysaght A. Evolutionary Analyses of Protein Interaction Networks. In Biological Data Mining in Protein Interaction Networks (Xiao-Li Li and See-Kiong Ng eds., IGI Global, USA), 169-181, 2009
  18. Akihito, Fumihito A, Ikeda Y, Aizawa M, Makino T, Umehara Y, Kai Y, Hasegawa M, Nakabo T and Gojobori T. Evolution of Pacific Ocean and the Sea of Japan populations of the gobiid species, Pterogobius elapoides and Pterogobius zonoleucus, based on molecular and morphological analyses. Gene. 427:7-18, 2008
  19. Makino T, McLysaght A. Interacting Gene Clusters and the Evolution of the Vertebrate Immune System. Mol Biol Evol. 25:1855-1862, 2008
  20. Yamasaki C, et al. The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. Nucleic Acids Research (Database  issue):D793-799, 2008
  21. Makino T and Gojobori T. Evolution of protein-protein interaction network, In Genome Dynamics: Gene and protein Evolution (Jean-Nicolas Volff eds.), Vol.3:13-29, S. Karger AG, Basel, 2007
  22. Makino T, Suzuki Y, and Gojobori T. Differential evolutionary rates of duplicated genes in protein interaction network. Gene. 385:57-63, 2006
  23. Makino T and Gojobori T. The evolutionary rate of a protein is influenced by features of the interacting partners. Mol. Biol. Evol. 23:784-789, 2006
  24. Imanishi T, et al. Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones. PLoS Biology. 2:856-875, 2004
  25. Kimura T, Ito J, Kawano A, Makino T, Kondo H, Karita S, Sakka K, Ohmiya K.  Purification, characterization, and molecular cloning of acidophilic xylanase from penicillium sp.40. Bioscience, biotechnology, and biochemistry. 64(6):1230-1237, 2000
  26. Kimura T, Makino T, Aburatani T, Kondo H, Karita S, Sakka K, Ohmiya K. Analysis of the Promoter Activity of the Taka-Amylase Gene and the Phosphoglycerate Kinase Gene in a Shoyu-koji Mold Aspergillus oryzae KBN616. Food Science and Technology Research. 6(1):44-47, 2000
所属学会 Society for Molecular Biology and Evolution、日本進化学会、 日本生態学会

最近の研究について

進化過程において遺伝子は頻繁に重複しています。重複した遺伝子は機能的な制約から解放されて新機能をもった遺伝子へと進化すると考えられています。一方で、重複しているにも関わらず進化しにくい遺伝子が存在し、これらは病気との関連が強いことも分かってきました。このような重複遺伝子が存在する生物学的意義を明らかにするため、脊椎動物ゲノムを用いた進化学的解析を行っています。また、冗長とも言える重複遺伝子を持つことが生物進化にどのような 影響を及ぼすかを明らかにするため、昆虫や哺乳類の生態的特徴と重複遺伝子の関係についての研究も進めています。

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