生態システム生命科学専攻 : 環境遺伝生態学講座

遺伝情報動態 分野

3-3otsubo
大坪 嘉行
キャンパス 片平 キャンパス
連絡先 022-217-5696
E-mail yohtsubo atige.tohoku.ac.jp
ホームページ http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html

神奈川県川崎市出身。研究科の交流行事のソフトボール大会ではピッチャーをつとめており、優勝を目指して素振りなどをしている。趣味:山歩き、山菜採り、スキー、釣り、プログラミング

経歴 東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学にて博士課程修了し博士(農学)を取得。 理化学研究所基礎科学特別研究員を経て、東北大学助手に就任。職位変更により助教に。
著書・論文
  1. Ohtsubo, Y., F. Maruyama, H. Mitsui, Y. Nagata, and M. Tsuda: Complete genome sequence of Acidovorax sp. KKS102, a polychlorinated biphenyl-degrading strain: J. Bacteriol. 194: 6970-6971 (2012)
  2. Ohtsubo, Y., Y. Ishibashi, H. Naganawa, S. Hirokawa, S. Atobe, Y. Nagata, and M. Tsuda: Conjugal transfer of polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation genes in Acidovorax sp. KKS102 located on integrative and conjugative element. J, Bacteriol. 184: 4237-4248 (2012)
  3. Ohtsubo, Y., E. Nishiyama, Y. Ishibashi, Y. Nagata, and M. Tsuda: Strategies to reveal genomic function in natural soil systems. In: Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, and Y. Kamagata (eds), Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve. Springer, Tokyo. pp. 279-291 (2014)
所属学会 日本ゲノム微生物学会、日本農芸化学会

最近の研究について

遺伝子の水平伝播の形態の一つであるリコンビネーションに着目した研究、代表的な人為起源の難分解性物質であるPCBの分解細菌のカタボライト調節機構の解明を目的とした研究を行っている。 またこのような、いわゆるウエットな研究を実施する一方で、ソフトウエアを多数作成公開している。公開ソフトウエアの代表的なものには比較ゲノム解析を用意に実施可能なGenomeMatcherがある。本ソフトウエアには汎用な情報処理ツールが多数含まれており、様々な解析が可能である。また、細菌のドラフトゲノム配列をもとに完全配列を決定すること(いわゆるFinishing)を支援するソフトウエア(AceFileViewerおよびGenoFinisher)、次世代シーケンサー由来の大量リードを処理するためのソフトウエア(ShortReadManager)を公開している。

Twitter @TohokuU_Lifesci