生態システム生命科学専攻 : 環境遺伝生態学講座

遺伝情報動態 分野

3-1tsuda
津田 雅孝
キャンパス 片平 キャンパス
専攻分野 遺伝情報動態
連絡先 022-217-5699
E-mail mtsudaatige.tohoku.ac.jp
ホームページ http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/index.html

一貫して環境微生物を対象とした分子遺伝学。最近ではゲノム科学と微生物分子生態学も視野に入れた研究・教育に取り組んでいる。

経歴 東京大学理学部卒業、東京大学大学院理学系研究科博士課程単位取得退学(理学博士)。マックスプランク分子遺伝学研究所博士研究員、東京大学理学部助手、山口大学医学部講師、岡山大学理学部助教授を経て、1998年東北大学遺伝生態研究センター教授。2001年改組で現職。
著書・論文
  1. Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genetic determinants for fitness in soil by using signature-tagged mutagenesis. Microbiology (in press)
  2. Design and experimental application of a novel non-degenerate universal primer set that amplifies prokaryotic 16S rRNA genes with a low possibility to amplify eukaryotic rRNA genes. DNA Research (in press)
  3. Mobile catabolic genetic elements in pseudomonads. In: Nojiri, H., M. Tsuda, M. Fukuda, and Y. Kamagata (eds), Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve. Springer Verlag, Tokyo, pp 83-103 (2014)
  4. ParI, an orphan ParA family protein from Pseudomonas putida KT2440-specific genomic island, interferes with the partition system of IncP-7 plasmids. Environmental Microbiology 14: 2946-2959 (2012)
  5. Suppression of pleiotrophic phenotypes of Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation. Microbiology 158: 1284-1293 (2012)
  6. Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology. Environmental Microbiology 12: 2539-2558 (2010)
  7. Novel organization of aromatic degradation pathway genes in a microbial community as revealed by metagenomic analysis. ISME Journal 3: 1335-1348 (2009)
  8. Revised nomenclature for transposable genetic elements. Plasmid 60: 167-173 (2008)
  9. Complete sequence determination combined with analysis of transposition / site-specific recombination events to explain genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and related mobile genetic elements. Journal of Molecular Biology 369: 11-26 (2007)
  10. Isolation and characterization of naphthalene-catabolic genes and plasmids from oil-contaminated soil by using two cultivation-independent approaches. Applied Microbiology and Biotechnology74: 501-510 (2007)
  11. Genomic and functional analysis of the IncP-9 naphthalene-catabolic plasmid NAH7 and its transposon Tn4655 suggests catabolic gene spread by a tyrosine recombinase. Journal of Bacteriology 188: 4057-4067 (2006)
  12. Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading b-proteobacteria, Acidovorax sp. KKS102. Molecular Microbiology 60: 1563-1575 (2006)
所属学会 日本農芸化学会、日本細菌学会、日本ゲノム微生物学会、日本微生物生態学会、 American Society for Microbiology, International Society for Plasmid Biology
担当講義 生態システム生命科学特論(大学院生命科学研究科)、遺伝情報動態学特論(大学院生命科学研究科)、生態学合同講義(大学院生命科学研究科)、生命科学B (全学教育)

最近の研究について

 難分解性の環境汚染物質分解能を有する種々の環境細菌とその集団を対象にして、遺伝情報の再編成や水平伝播などの把握とその機構の解析、そして、環境との相互作用に伴う遺伝情報の調和的発現制御ネットワークの把握とその機構の解析を通じて、遺伝情報の構造的並びに機能的動態の解明をめざしている。実際には、これら細菌に関して、分子遺伝学、分子生物学、ゲノム生物学、及び分子生態学的手法を用い、(1)各種環境汚染物質分解遺伝子の転移等の再編成と水平伝播の研究、 (2)大規模で多様な再編成現象を示す環境細菌でのゲノムの構成原理と可塑性の研究、(3)環境応答遺伝子群の包括的で調和のとれた発現制御のゲノム情報に基づいた研究を、実験室系と自然生態系の両レベルから実施している。

メッセージ

 自然環境に棲息する微生物で培養が可能な株は1%にも満たず、培養可能な株でも実験室と自然環境ではその生きざま・挙動が異なること、さらに、自然環境では複数菌株が共同して様々な生物現象を司っていることを鑑みると、自然環境での微生物株や微生物集団の挙動・役割は未知である。このフロンティア領域の研究に、ゲノミクスを始めとした各種オミックス手法と正統的な微生物遺伝学・生化学の手法を有機的に組み合わせることでチャレンジしたい。また、自然環境での微生物の個々はミクロレベルで異なる環境に存在して生理学的にもヘテロだと自身の研究過程で痛感したことから、単細胞レベルでの微生物研究に少しでも貢献できたらとも考えている。

 あちこち転々として来た中で、理・農・医・薬・工学分野の微生物学者や学生・院生と接してきた。研究対象が同じ菌株でも、取り組んでいる目的、発想、出口には大きな違いがあり、それなりに視野を広げることができた。若い人も積極的に多方面の研究者と交流してほしい。

Twitter @TohokuU_Lifesci