ゲノムという概念の提唱者である木原均先生の「生物の歴史は染色体に刻まれている」というの言葉を現代的にとらえ、ゲノム情報に刻まれた生物の歴史を紐解くことを目指して研究を進めております。分野名の「共生」が示す研究対象は、狭義の「相利共生」の視点での、根粒菌、菌根菌、植物内生菌（エンドファイト）などの植物と微生物との相互作用とともに、広義の「自然共生」の視点での、環境適応機構や環境因子と遺伝子因子の交互作用の解析等の環境と生物との相互作用を含んでいます。環境を含めた生物のつながりの一端を集団ゲノミクスや比較ゲノミクスの手法を用いて解明することを目指します。