本センターの研究分野は海洋生物を用いた基礎研究において長い歴史を持っています。初代所長畑井新喜司のシロナマコの生理学・生態学の研究は「畑井のシロナマコ」として広く知られています。また、ホタテガイ産卵誘発法の開発（山本護太郎）によって養殖の道が開かれ、ミズクラゲの生活史の研究（平井越郎、柿沼好子）によって実験室内や水族館でのクラゲの飼育が初めて可能になりました。さらに、浮遊珪藻の研究（小久保清治）から海洋プランクトン研究の基礎が築かれました。この他にも、ウニ卵の受精におけるヤヌスグリーン顆粒（後に表層顆粒と呼ばれる）の発見（元村勲）や、ホヤの産卵の仕組みの研究（沼宮内隆晴）など、現在における海産無脊椎動物を用いた研究の発展に大きく貢献してきました。
　現在は、浅虫ならではの伝統あるホヤ、ウニ、クラゲを研究材料に使って、生殖細胞形成機構および胚・成体の形づくりの仕組みの研究（ホヤ・クラゲ）、中胚葉特異化機構と中胚葉の機能の進化に着目した研究（ウニ）を行っている他、卵成熟および受精機構の研究（ヒトデ）、潮間帯の生態学的研究（カニ・巻貝）、系統分類学的研究（海産クマムシ）などを行っています。

　教育研究の実績はセンターHPで詳しく解説しています。